Основними напрямами наукових досліджень в Академії є:
- теоретичні основи забезпечення національної безпеки України та реалізації державної політики в цій сфері;
- забезпечення прав і свобод людини у діяльності СБУ та механізмів цивільного контролю за її діяльністю;
- правове регулювання діяльності СБУ у сучасних умовах;
- теорія та практика контррозвідувальної діяльності та її психологічне забезпечення;
- оперативно-розшукова діяльність підрозділів СБУ;
- захист державного суверенітету, конституційного ладу і територіальної цілісності, оборонного і науково-технічного потенціалу, кібербезпеки, економічної та інформаційної безпеки держави, об'єктів критичної інфраструктури;
- правове регулювання відносин у сфері охорони інформації з обмеженим доступом;
- протидія і запобігання корупційним правопорушенням та боротьба спеціальних підрозділів СБУ з діяльністю організованих злочинних угруповань, яка створює загрозу національній безпеці України;
- досудове розслідування, що здійснюється слідчими органів безпеки;
- інформаційно-аналітична діяльність СБУ;
- управління національною безпекою та оперативно-службовою діяльністю Служби безпеки України, кадровий менеджмент;
- психологічне забезпечення професійної підготовки й діяльності співробітників СБУ;
- історія національних спецслужб.
Здійснюється інформаційно-аналітичне забезпечення органів державної влади та оперативно-службової діяльності, впровадження результатів наукових досліджень у практичну діяльність СБУ й освітній процес, підготовка наукових кадрів вищої кваліфікації.